自然科学基础实验中心（简称自然中心）成立于1998年6月，建筑面积6100平方米。二十余年来，自然中心秉承“实验创新、实践育人”的教学和管理理念，积极投身本科生基础实验教学，荣获国家工科物理基础课程教学基地和北京高等学校实验教学示范中心（物理、化学）称号。自然中心下设物理、化学、电工电子、力学、数学、化学分析共6个实验分中心。共有职工44人，其中具有高级及以上职称18人（40%）；具有研究生学历人员36名（80%）。现有教学仪器设备3500余台套、价值4000万元。

自然中心承担着全校12个学院本科生（含留学生）基础实验教学工作，课程类别120门次/年，上课学生6000人/年，工作量达70万人学时/年。面向全校设立本科生科技创新项目40项/年，指导大学生参加各种竞赛活动并获得多项奖励。大力推进实验教学改革，积极探索自主性、互动性的教学模式，培养大学生创新能力和动手能力，提高综合素质。

在承担实验教学的同时，自然中心积极开展科学研究，并将科研成果反哺实验教学。近五年来承担或参加教学改革项目25项，其中省部级项目3项，校内重点项目1项；教学改革获奖24项，其中国家级2项，省部级8项；出版教材8部；发表教改论文46篇。积极自制实验设备服务本科教学，荣获多项全国高校教师创新大赛奖励。

自然中心每年为3000余名北京市中小学生开设物理、化学等科学实践课程，服务学生1万余人/学时 ，荣获北京市中小学生实验实践课程基地称号。积极参加中国计量认证（CMA）和中国实验室认可（CNAS）体系评估，共五大类71个检测项目获得国家实验室认可资质；参加国家标准物质的研制，负责定值分析，其中13项获得国家标准物质证书。